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Protagonisti di questo manuale sono i geni Hox: geni architetti, veri e propri interruttori genetici, che istruiscono altri geni subalterni (geni muratori) per la formazione del piano corporeo. Dalla buona collaborazione di entrambi si sviluppa il piano corporeo normale ma se i geni Hox danno indicazioni sbagliate ai geni muratori allora si sviluppano malformazioni o tumori. Il modo in cui si sviluppano strutture anatomiche specifiche (un arto, un rene, un orecchio) non dipende solo dallo schema di espressione dei geni Hox e dei geni target, ma soprattutto da meccanismi epigenetici. I geni sarebbero quindi come dei burattini in balia di un burattinaio: l'ambiente.
